Les mers étant constamment menacées par la « flotte abyssale » hostile, une base navale spécialisée est mise en place pour les contrer. Cependant, plutôt que d’armes navales standard, la base est armée de « Kanmusu » – des filles qui abritent les esprits des navires de guerre japonais – possédant la capacité d’enfiler de l’équipement armé qui leur permet d’exploiter les puissantes âmes qui sont en eux. Fubuki, un jeune Kanmusu de type Destroyer, rejoint la base en tant que nouvelle recrue ; malheureusement pour elle, malgré son inexpérience et sa nature timide, elle est affectée au fameux troisième escadron de torpilles et est rapidement plongée dans le feu de l’action. Lorsqu’il est sauvé d’une quasi-annihilation, le navire de guerre recrue se résout à devenir aussi fort que celui qui l’a sauvée.
