B : The Beginning est l'histoire de Koku, un mystérieux garçon qui se retrouve impliqué dans une série de meurtres inexplicables qui sont liés à une organisation criminelle secrète appelée "Les Royaumes du Ver". Il se lie d'amitié avec un groupe de policiers et de scientifiques qui sont à la recherche de l'assassin et tentent de découvrir la vérité derrière ces meurtres. Ensemble, ils sont confrontés à des forces surnaturelles et à des choix difficiles alors qu'ils tentent de trouver le vrai coupable et de sauver le monde.
