Au lycée Kunugigaoka se trouvela classe 3-E, exclue dans les montagnes pour étudier et surtout pour assassiner leur professeur, Koro-sensei. En effet, cette étrange créature, ressemblant à un smiley avec des tentacules, a réussi àtrouer la lune jusqu'à ce que celle-ci en devienne un croissant ! Il posa alors ses conditions au gouvernement : devenir le professeur de la classe 3-E. Cependant, si d'ici une année aucun de ses élèves ne parvient à le tuer, la Terre connaîtra le même sort que celui de la Lune !"Si une personne y arrive, elle recevra la somme astronomique de 10 milliards de yens"!C'est ainsi que ce groupe d'élèves va apprendre l'art de tuer de différentes manières mais aussi commencer à s'attacher à ce drôle de professeur.

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