Natsume Tomoharu est un lycéen normal à une exception près : il est suivi par le fantôme de son meilleur ami, Misao. Après avoir emménagé dans l’ancienne maison de son frère, Tomoharu s’attend à continuer à vivre sa vie normale, mais il lui reste un jour avec une mystérieuse mallette verrouillée sans aucune instruction. Au début, il a l’intention de le laisser dans un entrepôt ; cependant, sa maison est bientôt envahie par de multiples groupes de personnes après la mallette. Bien que ne connaissant toujours pas le but de la mallette, Tomoharu et Misao tentent de s’enfuir avec elle. A partir de là, Tomoharu essaie d’apprendre les secrets derrière la mallette, les liens entre elle et Misao, et pourquoi elle a le pouvoir de changer le monde.
