Mikoto Misaka et ses amis sont de retour, enquêtant sur les rumeurs dans toute la ville de l’Académie. Bientôt, Mikoto découvre quelque chose de terrifiant : des expériences horribles se déroulent dans toute la ville, impliquant le meurtre de milliers d’espers. De plus, ces espers sont loin d’être des gens ordinaires : ce sont des clones de Mikoto elle-même. Se sentant responsable de leur traitement, elle se met en route pour mettre fin aux expériences ; cependant, les forces qui s’opposent à elle sont beaucoup plus dangereuses que prévu, et Mikoto se retrouve face à certains des plus puissants espers imaginables.Toaru Kagaku no Railgun S continue l’histoire du Railgun S alors qu’elle lutte désespérément pour mettre fin aux expériences inhumaines qu’elle croit avoir contribué à provoquer, sa vie l’entraînant profondément dans le désespoir dans le processus. Il n’y a jamais un moment d’ennui à Academy City, mais personne n’a jamais dit qu’ils seraient tous agréables.

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